Средний храм расположен в 880 м южнее Северного храма и находится на одной из окраин городища. Дата его строительства определяется как первая половина Х века. В отличие от Северного храма, Средний был «отреставрирован» монахами основанного здесь в 19 веке мужского Александро-Афонского монастыря и приспособлен для служб в 1897 году. Средний храм меньше Северного – его длина 21,5 м; ширина – 13,25 метра; высота от пола до пяты купола – 15 м.

Средний храм по своему плану заметно отличается от Северного. Если Северный храм представляет собой образец развитой крестовокупольной четырехстолпной композиции, то Средний имеет иную – крестообразную структуру, осложненную боковыми апсидами.

Как предполагают ученые, Средний храм был собором, обслуживающим христианское население легендарного Мааса. Из его оконных проемов открывается изумительный по глубине вид на Архызское ущелье.